لاحظ ديوان الرقابة المالية في تقريره أن القنوات الداخلية للمحطة التي تربط بين مرافق المعالجة الثنائية وقناة صرف المياه إلى البحر لم تعد قادرة على استيعاب كامل كميات المياه المتدفقة وخصوصاً في فترات الذروة، ما تسبب في حدوث بعض الفيضانات داخل المحطة وأربك العمل بها وتسبب في تحمل أعباء إضافية تمثلت في أعمال تنظيف المخلفات العضوية المتراكمة بالمحطة. وقد تبين أن أعمال التوسعة التي تمت لمصارف المحطة خلال سنة 2001 لم تعد كافية لاستيعاب كل الأحمال الهيدروليكية والعضوية المتدفقة إليها.

كما أكد التقرير أن خطوط توزيع المياه المعالجة ثلاثياً الموصلة إلى مزارع منطقتي الزلاق والجنبية والتي تم استكمال توصيلها في أبريل/ نيسان 2005 بتكلفة إجمالية بلغت 2.9 مليون دينار، توجد بها مشاكل رئيسية تتعلق بحدوث تسربات وانقطاعات متكررة في المياه، وهو ما تسبب في صدور شكاوى عديدة من المزارعين، كما أن البيانات المستلمة من إدارة الهندسة الزراعية بوزارة شئون البلديات والزراعة وكذلك التقرير الصادر عن الشركة الاستشارية الألمانية (GTZ) خلال العام 2009 تشير إلى استمرار وجود التسربات وتكرار الانقطاعات التي تجاوزت أحياناً 3 أسابيع وذلك بسبب تردي نوعية الأنابيب المستخدمة وعدم إحكام عمليات تصميم الشبكات وتوصيل الأنابيب. وبسبب سوء التنفيذ، قررت وزارة الأشغال رفض الاستلام النهائي للمشروع والتحفظ على المستحقات المتبقية للمقاول البالغة 328 ألف دينار بالإضافة إلى مبلغ الضمان النهائي البالغ قيمته 290 ألف دينار وطالبته بإصلاح الأعطال التي لاتزال تحدث من حين لآخر حتى هذا التاريخ رغم انتهاء المقاولة منذ ابريل 2005.

وفي ذلك أقرت وزارة الأشغال بوجود العديد من المشاكل التشغيلية التي تعتري أنظمة توزيع المياه المعالجة وبالأخص بشبكات ومرافق التوزيع في كل من منطقتي الجنبية والزلاق.

وأشارت إلى أنه نظراً للطبيعة غير التقليدية لحجم وطبيعة هذه المشاكل فإنه يجري متابعة هذا الموضوع وبشكل حثيث مع المقاول لإنهاء هذا الوضع غير السليم، هذا وتود الوزارة أن تؤكد على أن العقد المبرم مع المقاول يتضمن بنودا جزائية تتيح للوزارة تغريم المقاول وحمله تعاقدياً على التكفل بإصلاح كافة العيوب، وفي حال تعثر الاتفاق مع المقاول فإن الوزارة تعتزم القيام بأعمال الإصلاحات المطلوبة من خلال طرف ثالث مع الاحتفاظ بحقها في متابعة هذا الأمر مع المقاول فنياً وتعاقدياً وقانونياً.

ولفت ديوان الرقابة إلى عدم تحديد كميات المياه المعالجة المستخدمة فعلياً في المزارع، وذلك نتيجة عدم استطاعة إدارة الهندسة الزراعية ومصادر المياه بوزارة شئون البلديات والزراعة قراءة جميع العدادات، إذ تبين عدم قراءة 131 عداداً من أصل 391 مركباً بالمزارع وذلك بسبب تعطلها الناتج عن ضعف صيانتها.

كما أشار إلى عدم وجود تحديد واضح للأدوار والمسئوليات بين وزارتي الأشغال والبلديات بشأن صيانة العدادات التي تم تركيبها، خاصة وأن هذا العمل يتطلب تخصيص الكوادر المتخصصة وتوفير الاعتمادات الضرورية للقيام به.

ومن جهتها أكدت وزارة الأشغال على مسئولية وزارة البلديات بشأن صيانة العدادات التي تم تركيبها، وتوفير الاعتمادات الضرورية للقيام بأعمال القراءة الدورية ومتابعة الكميات المستخدمة. إلا أن وزارة البلديات أكدت أنه لاعتبارات وجود اعطاب في العديد من العدادات في ظل قيام وزارة الأشغال بمهمة تركيبها في المراحل السابقة من المشروع، فإن الوزارة قد خاطبت وزارة الأشغال بهذا الشأن بغرض تحقيق استلام وتسليم مثل هذه الأعمال دون وجود ما يعيق ذلك.

ولاحظ الديوان ضعف في تشغيل نظام مراقبة خزانات المياه المعالجة المتواجد خارج محطة توبلي والذي يساعد على معرفة كميات المياه المتوفرة بالخزانات ومراقبة تدفقها إلى المزارع والمستهلكين الآخرين. واتفقت وزارة الأشغال مع ما ورد في التقرير بوجود ضعف في تشغيل نظام مراقبة خزانات المياه المعالجة المتواجدة خارج مركز توبلي والذي يساعد على معرفة كميات المياه المتوافرة بالخزانات ومراقبة تدفقها إلى المزارع وإلى مختلف المستفيدين. وعليه فقد قامت وزارة الأشغال بتحديث هذا النظام وإضفاء مزيد من الفاعلية عليه.