أدى توغل غير متوقع نحو الجنوب، من قِبل جماعات مسلحة إسلامية في يناير/كانون الثاني 2013 إلى هجوم عسكري بقيادة فرنسية سرعان ما أسفر عن إزاحة تلك الجماعات وأنهى إلى حد بعيد احتلالها للشمال الذي اشتمل على انتهاكات عديدة.

أثناء العملية العسكرية وبعدها، ارتكب جنود ماليون انتهاكات عديدة، لا سيما ضد المدنيين والمشتبهين بكونهم من المتمردين تحت الأسر.

أدت المخاوف من تهديدات جماعات مسلحة إسلامية مرتبطة بالقاعدة إلى جهود دبلوماسية متضافرة من أجل تسوية الأزمة وبث الاستقرار في مالي.

أخذ الفرنسيون زمام المبادرة فيما يخص المسائل العسكرية، وتولى الاتحاد الأوروبي التدريب والإصلاح لقطاع الأمن، وتولت الأمم المتحدة من خلال إنشاء قوة حفظ سلام، مسألة سيادة القانون والاستقرار السياسي.

في حين انتقد أغلب الفاعلين الانتهاكات التي ارتكبتها الجماعات الإسلامية، فقد أحجموا عن الانتقاد العلني للانتهاكات التي ارتكبها الجيش الماليّ.

ساعدت الانتخابات الرئاسية الحرة والنزيهة والشفافة إلى حد بعيد في أغسطس/آب في بث الاستقرار في الوضع السياسي. لكن انهار الأمن من واقع استمرار التوترات المجتمعية المزمنة وجراء انعدام اليقين إزاء وضع متمردي الطوارق، والهجمات المتواصلة من الجماعات الإسلامية - واشتملت على تفجيرات انتحارية - والانقسامات داخل الجيش، وتصاعد معدلات الإجرام.

بذلت السلطات المالية جهوداً قليلة غير كافية للتحقيق مع عناصر قوات الأمن المتورطين في الانتهاكات ومحاسبتهم. لكن في يناير/كانون الثاني فتح ادعاء المحكمة الجنائية الدولية تحقيقاً في الجرائم التي يُزعم ارتكابها في ثلاث مناطق شمالي البلاد. وكان اتفاق أوغادوغو الموقع في يونيو/حزيران بين الحكومة المالية وجماعتين من الطوارق فضفاضاً ومبهماً حول المسؤولين عن الجرائم الجسيمة وهل تجب ملاحقتهم قضائياً أم لا.

تقوضت سيادة القانون في الشمال بفعل العودة البطيئة لعناصر القضاء والشرطة إلى الشمال. وقد حدت مخصصات الموازنة غير الكافية لنظام العدالة الجنائية بشكل عام من كفالة إجراءات التقاضي السليمة في شتى أنحاء مالي. وأعاقت أيضاً قدرة الماليين على الحصول على الرعاية الصحية والتعليم ظاهرة التزوير والفساد المنتشرة بشكل وبائي على كافة مستويات الحكومة.

وقام جنود ماليون في إطار حملتهم لاستعادة السيطرة على الشمال، بارتكاب انتهاكات كثيرة للغاية، منها عمليات إعدام خارج نطاق القضاء واختفاءات قسرية وأعمال تعذيب. هذه الانتهاكات التي استهدفت أفراداً يشتبه في كونهم متمردين إسلاميين ومتعاونين، اشتملت على 26 عملية إعدام ميداني على الأقل، و11 اختفاءً قسرياً وأكثر من 50 حالة تعذيب ومعاملة سيئة.

تعرض المحتجزون للضرب المبرح والركل والخنق، والإحراق بأعقاب السجائر والقداحات والحقن بمواد كاوية مجهولة وإجبارهم على ابتلاعها، والتعرض للإيهام بالغرق، وتعريضهم لتهديدات بالقتل وعمليات إيهام بالإعدام.

كفت المعاملة السيئة بعد إحالة المحتجزين إلى قوات الدرك، الذين قام المحتجزون برشوتهم في بعض الحالات لإطلاق سراحهم. ساعد وجود قوات الدرك، والجنود الفرنسيين وقوات غرب أفريقيا، في ردع وقوع أكثر الانتهاكات جسامة.

وفي أغسطس/آب تمت ترقية قائد انقلاب 2012، النقيب أمادو سانوغو، إلى رتبة فريق، رغم تورطه المباشر في أعمال تعذيب وإخفاء قسري في 2012 وأكتوبر/تشرين الأول 2013، عندما قامت قوات موالية لسانوغو حسب المزاعم بقتل أربعة وإخفاء سبعة آخرين على الأقل من الموالين له الذين تمردوا عليه. لكن في أغسطس/آب ألغى الرئيس المؤقت قراراً من عام 2012 بتعيين سانوغو رئيساً للجنة لتنفيذ إصلاحات في الجيش.

وقبل إخراج المقاتلين الموالين للجماعات الإسلامية من شمال مالي – من أنصار الدين وحركة الوحدة والجهاد في غرب أفريقيا والقاعدة في المغرب الإسلامي – قامت تلك الجماعات بارتكاب انتهاكات جسيمة بحق السجناء والسكان المحليين. مع فرضهم الجبري لرؤيتهم للشريعة، قامت الجماعات بضرب وجلد وتوقيف من يدخنون السجائر ويتناولون المشروبات الكحولية، ولا يبدون الالتزام بقواعد الملبس التي فرضتها الجماعات. وفي يناير/كانون الثاني قامت جماعات إسلامية مسلحة في كونّا بإعدام سبعة جنود ماليين على الأقل.