قبل إنشاء المحكمة الجنائية الدولية، كانت (ولا تزال) لدى مجلس الأمن الدولي صلاحية إنشاء محاكم خاصة وذلك بقرار صادر عنه بشأن قضية محددة. وهذه المحاكم تختلف عن المحكمة الجنائية الدولية الجديدة لكون المحاكم الخاصة محدودة في الزمان وفي القضية وتنتهي بإنتهاء القصية.

فالمحاكم الخاصة هي محاكم محدَّدة الاختصاص تقام لضمان تحقيق «العدالة» في حالات بعينها. ومن الأمثلة على المحاكم الخاصة مايلي:

في العام 1993، قرر مجلس الأمن الدولي إنشاء «المحكمة الجنائية الدولية الخاصة بجرائم الحرب التي وقعت في يوغسلافيا السابقة»، وذلك بعد الجرائم والمذابح التي وقعت على نطاق واسع في منطقة البلقان وراح ضحيتها عشرات آلاف دُفن معظمهم في مقابر جماعية تم اكتشافها لاحقا.

وفي العام 1995، قرر مجلس الأمن إنشاء «المحكمة الجنائية الدولية الخاصة برواندا»، وذلك بعد جرائم الإبادة الجماعية التي وقعت في رواندا إبان الحرب العرقية بين الهوتو والتوستي في تسعينيات القرن الماضي، والتي خلفت مئات الآلاف من الضحايا.

وتم تشكيل المحكمتين بصورة مستقلة عن النظم القضائية الوطنية في الدول التي تأثرت بتلك الجرائم، ويتولى العمل في المحكمتين قضاة ومحامون دوليون وموظفون دوليون، أما التمويل فيتكفل به المجتمع الدولي (مجموعة دول).

وأبرمت سيراليون والأمم المتحدة اتفاقا لإنشاء محكمة خاصة تنظر في الانتهاكات والجرائم الدولية والمحلية التي ارتُكبت خلال النزاع الداخلي الأخير. كما أُنشئت مؤخرا محكمة مماثلة لمحاكمة الخمير الحمر في كمبوديا، والتي بدأت أولى محاكماتها في فبراير/ شباط 2009، بمحاكمة كاينغ غويك اياف، المسئول عن معتقل «تول سلينغ» (الذي قُتل فيه نحو 17 ألف شخص) التابع لنظام الخمير الحمر في سبعينيات القرن الماضي.

تخضع هذه المحاكم للمتابعة من منظمة العفو الدولية عمل المحاكم ذات الطابع الدولي لضمان أنها تباشر عملها وفقا لأعلى مستويات العدالة. وعلى رغم مراقبتها فإن منظمة العفو الدولية رأت أن هذه المحاكم ناقصة لعدة أسباب، منها:

- بعض العناصر في النظم الأساسية والقواعد الخاصة لا تتماشى مع أعلى مستويات العدالة الدولية.

- أنها لم تنظر إلا في عدد صغير جدا من القضايا الخاصة بأوضاع ارتُكبت فيها جرائم واسعة النطاق.

- تواجه عقبات في مجال التعاون من بعض الدول.

- تواجه مشكلات مالية، إذ إنها تُمول من مساهمين متطوعين، إذ تتقاعس بعض الدول عن المشاركة في التمويل.

- أنها لم تنجح في أن تكون محفزا لقيام المحاكم على المستوى الوطني بما تعجز عنه من مباشرة إجراءات التحقيق والمحاكمة في قضايا أخرى بموجب القانون الدولي.