ولما ظهرت كلمة التوحيد، فأرسل رسول المجد صلى الله عليه وآله وسلم العلاء الحضرمي إلى البحرين، وقد مضي من الهجرة ست سنين، فلما وصل إليهم قبلوه وأطاعوه، وقبلوا أوامره ونواهيه طوعا ورضا، فلمّا قُبض رسول اللّه صلى الله عليه وآله وسلم، وانتقلت خلافة الإسلام إلى أبي بكر بن أبي قحافة، عزل علاء الحضرمي من البحرين وولّي غيره، فلما ولّي غيره، تغيرت طبائعهم، وأرتدّوا عن الإسلام، فكتب الوالي إلى الخليفة وقائع ما صدر عن الناس في تلك الجزيرة، فطلب أبو بكر علاء الحضرمي أيضا وضم معه جيوش الإسلام، فحاصروا البحرين مدة حتى وقعت الحرب والشدائد، وفُتحت البحرين، وقُتل من أهلها ومن المسلمين جماعة كثيرة، فلمّا استولت جيوش الأسلام على تلك الناحية، كتب علاء الحضرمي إلى الخليفه بفتح البحرين، وأرسل إليه غنائم كثيرة، وتمكّن في البحرين إلى أن انتهي أمر الخلافة إلى عمر بن الخطاب، فجاء إلى المدينة عند الخليفة، وتكلّم معه في فتح بعض الجزائر من بحر فارس، فأذن له.

ثم جاء إلى البحرين مع خلق كثير، وحاصر السيراف وعمان ومسقط وغيرها من الجزائر حتى فتحها، وأمر ببناء المساجد المبنية والجوامع المعمورة للصلوات.

وفي السنة الثانية والسبعين من الهجرة: جاء أبو فديك الخارجي وحاصر البحرين، وغلب على أهلها حتى انتزع البحرين من أيدي بني اُميه، فلمّا سمع عبد الملك بن مروان ذلك، أرسل إلى البحرين جيوشا عظيمة، وقتل أبو فديك الخارجي مع جماعة من أصحابه وأنصاره، فما أفلت منهم إلاّ نفر يسير، ثم أمر عبد الملك أهل البحرين باستحكام البنيان، وتشييد القلاع والحصون، وترتيب الرجال، وغير ذلك مما يطول شرحه.

وفي السنة الخامسة بعد المائة حمل على البحرين مسعود بن أبي زبيب العبدي، والوالي يومئذ عليها أشعث بن عبد اللّه بن جارود، فلما رأي بطشه وكثرة عدد عدوّه هرب منها، فجاس مسعود فيها وملكها، حتى مضي من حكومته عشرون سنة، ثم قتله سفيان بن عمرو العقيلي، وتصرف بالجزيرة.

وفي سنة خمسين بعد المائة أرسل المنصور العباسي إلى البحرين عقبة بن سليم، فقتل واليها وجماعة كثيرة، وسبوا نساءهم، وأرسل جماعة منهم إلى بغداد عند الخليفة.

وفي سنة 299 هـ غارت الزنج على واسط وهجّرت أهلها حفاة عراة، وأخربت ديارها وأحرقتها، ثم دخلت الزنج البصرة وأحرقوا الجامع، وقُتل منها إثني عشر ألفا وهرب باقي أهلها بأسوأ حال، ثم دخلوا البحرين وقُتل من أهاليها جماعة كثيرة، وكان صاحب الزنج خارجيا يسب عثمان وعليا وعائشة ومعاوية، وقيل كان زنديقا.

وفي سنة 311 هـ دخل أبو طاهر القرمطي علي أبي سعيد القرمطي البصرة ليلا في ألف وسبعمائة فارس، فوضعوا فيهم السيف وأحرقوا الجامع وسبوا الحريم، ثم دخلوا البحرين واتخذوا من هجر دار أقامتهم ودار هجرتهم.

وفي سنة 313 هـ لم يحجّ أحد من المسلمين من معارضة القرامطة.

وفي سنة 317 هـ حجّ بالناس منصور الديلمي، فدخل الناس مكة سالمين، فوافاهم يوم التروية أبو طاهر القرمطي، فقتل الحاج قتلا ذريعا في المسجد وفي فجاج مكة، وقتل أمير مكة إبن محارب، واقتلعوا باب الكعبة والحجر الأسود وأتي به إلى هجر، ولم يرد إلاّ بعد نيف وعشرين سنة، ومكانه في البحرين مشهور معروف.

وفي سنة 930 الثلاثين وتسعمائة ظهر جماعة في بلاد عمان الموسومون بالبرتغالية فجاؤا إلى البحرين وأستقروا فيها مدّة مائة سنة، وبنوا قلعة محكمة في منعمة، وبقيت إلى الآن آثارها، وإن قيل إن هذه الأبنية من أبنية الأكاسرة والسلاطين الساسانية.

وفي سنة التاسع والثلاثين بعد الألف: غزا الشاه عباس الصفوي تلك الجزيرة، واستولت عساكره عليها، حتى قتلوا من جماعة البرتغالية خلقا كثيرا، وولّي عليها إمام قلي خان والي فارس، وكان ملكه إلى سنة الثالث والأربعين بعد الألف، بعدها فوضوا أمر حكومة البحرين إلى رجل يسمي بسوندك السلطان.

وفي سنة السابع والسبعين بعد الألف ملكها بابا خان، ثم ولاّها إبن قزلخان.

وفي سنة الثالث عشر بعد المائة والألف قد تلبسها مهدي قلي خان بأمر الشاه حسين الصفوي، وعزل ونصّب بعده قزاق السلطان، لأمر يطول شرحه قال شاعرهم:

مهدي قلي حرفوه عن بحريننا عام الفتور وحكّموا قزاق

ملأ الفجاج ببغيه وفجوره فلذا أتي تاريخه قد زاغا

وهو سنة 1113، وسيأتي في حالات العلماء بعض الوقائع.

وفي سنة الخمسين والمائة بعد الألف أتي سيف بن الإمام سلطان مسقط مع جماعة من البياضية والخوارج، وتملكوا البحرين وقتلوا من الشيعة ما لا يحصي.

وفي سنة الثاني والخمسين بعد المائة وألف استولت عساكر نادرشاه علي البنادر، فافتتحوا المدن والجزائر حتى غلبوا على مسقط وعلى البحرين، وقتلوا السيف البياضي و من معه من الخوارج، ثم فوض أمر الحكومة إلى الشيخ غيث والشيخ نصر من آل مذكور.

وفي سنة السابع والمائتين بعد الألف ظهر في قطر جماعة من آل عتوب، فمنعوا الناس التعزية والمراثي على الحسين عليه السلام، واعتقدوا أنه من البدعة، فافشوا ذلك الإعتقاد، وأظهروا الفساد بين العباد، وأمروا أهل البحرين بسلوكهم، فلمّا سمع الشيخ نصر تلك المقالة وشنيع فعالهم، أمر عساكره بمقاتلتهم، فالتقيا فصارت بينهما ملحمة عظيمة ، فانكسرت جيوش الشيخ نصر، ففر إلى بوشهر واستغاث إلى حاكم شيراز فلم يجبه احد، فاستولت عساكر أحمد بن خليفة على البحرين، وهجر بعض علمائها إلى بنادر فارس، منهم جدي العّلامة الشيخ خلف ـ قدّس سرّه ـ وسيأتي تفصيل ذلك.

وفي سنة 1224 هـ هجم سعود بن عبد العزيز إمام نجد على قطر والبحرين

وفي سنة 1226 هـ أخذ عبد الرحمن بن خليفة البيعة من أهالي قطر والبحرين.

وفي سنة 1215 هـ حارب سيد سعيد إمام مسقط والبحرين، وافتتن منهم خلقا كثيرا، وفي تلك السنة جاء الشيخ نصر من بوشهر إلى البحرين لبعض المناسبات فاغتنم الفرصة وتصرف الجزيرة عن سيد سعيد.