ذكر تقرير ديوان الرقابة المالية للعام 2006 أن وزارة الصحة لا تمتلك أسسا لتحديد رسوم علاج إصابات العمل، وقال التقرير: «تدفع الهيئة العامة للتأمينات الاجتماعية 250 ألف دينار سنويا إلى وزارة الصحة مقابل رسوم علاج إصابات العمل بالعاملين في القطاع الخاص المؤمن عليهم لدى الهيئة، كما تدفع الهيئة العامة لصندوق التقاعد 20 ألف دينار سنويا لوزارة الصحة الصحة مقابل رسوم علاج إصابات العامل للعاملين في القطاع العام المؤمن عليهم لدى الهيئة».

ولاحظ ديوان الرقابة المالية أنه لا يوجد لدى وزارة الصحة أساس لتحديد الرسوم السنوية لعلاج إصابات العمل، فلا توجد لديها بيانات بشأن الكلفة الفعلية لعلاج إصابات العمل بالقطاعين العام والخاص، ولذلك لم يتمكن الديوان من مقارنة هذه الرسوم بالكلفة الفعلية التي تتحملها الوزارة في الوقت الذي تتسلم فيه الهيئتان رسوما عن إصابات العمل بواقع 3 في المئة من الرواتب الأساسية للمؤمن عليهم.

وقد أوصى الديوان بضرورة قيام وزارة الصحة بحساب الكلفة الحقيقة لعلاج إصابات العمل للمؤمن عليهم لدى كل هيئة على حدة، ليتم بناء على نتائجها تحديد الرسوم السنوية المستحقة للوزارة عن كل هيئة.