برزت قبل حوالي خمس وسبعين سنة لدى نفر من المثقفين من ابناء المسلمين الشيعة فكرة تأسيس مدرستين نظاميتين حديثتين لتدريس المنتسبين اليهما الفقه الجعفري الى جانب العلوم الحديثة الاخرى، وخصوصا بعد مرور عدة سنوات منذ تأسيس مدرسة الهداية الخليفية للبنين بالمحرق في 1919م والتي نظمت فعلا حفلا لتخريج أول فوج من طلبتها بعد إنهائهم المواد والسنوات المقررة، على ان تبنى احداهما في البلاد القديم لتخدم أهالي البلاد القديم وجدحفص والسنابس والقرى المجاورة، والثانية في جنوب المنامة.

وقد تشكلت لجنة تأسيسية للمدرسة او الجمعية الخيرية للتعليم مكونة من عدد من التجار والمثقفين منهم: أحمد العلوي (والد أول وزير مالية بالبحرين بعد الاستقلال محمود أحمد العلوي)، والحاج علي السماهيجي، ومحمد حسن الماحوزي، والحاج ابراهيم عبدالعال.

اختير موقع الخميس، حيث مسجد الخميس (أو المشهد) الشهير وسوق الخميس الشهيرة ايضا، ليكون مكانا لبناء مدرسة الشيعة، وبدأ بناء المدرسة وكان مبناها عبارة عن حجرتين (صفين دراسيين) بينهما غرفة للإدارة.

افتتحت (مدرسة المباركة العلوية) بالخميس في حفل كبير حضره نائب حكومة البحرين الشيخ حمد بن عيسى بن علي آل خليفة وعدد من رجال الدين ووجهاء وأعيان البلاد ومسئولو الحكومة، وكان ذلك في العام 1347هـ الذي تجدر الملاحظة إلى انه لا يوافق السنة الميلادية 1927م حسبما ذهب اليه الكثير على انها سنة افتتاح (مدرسة المباركة العلوية) بالخميس، فالعام الهجري 1347هـ يبدأ في 19 يونيو/حزيران 1928م وينتهي في 7 يونيو 1929م ولا يوافق أبدا أي يوم من أيام سنة 1926م أو 1927م، ولأن المدرسة الاخرى (المدرسة الجعفرية) بالمنامة افتتحت في العام 1347هـ (بعد حوالي سنة واحدة من افتتاح الاولى) وهي سنة افتتاح مدرسة المباركة العلوية بالخميس نفسها فإن الافتتاح التقريبي للمدرسة المباركة هو مطلع 1347هـ الموافق منتصف يونيو 1928م