أكدت وزيرة الثّقافة الشّيخة مي بنت محمّد آل خليفة الاتّفاق الذي توصّلت إليه وزارة الثّقافة مع إدارة الأوقاف الجعفريّة بشأن إنشاء مركز زوّار مسجد الخميس وتكوين مسار ثقافيّ تنمويّ للحفاظ على هذا المعلم باعتباره موقعًا أثريًّا هامًّا لن يتمّ مسّه أو إضافة أيّة مرافق أو أنشطة مستجدّة فيه أو على خارطة الموقع الخاصّة به. وذكرت أنّ اتجاه الثّقافة للحفاظ على المكوّنات التّاريخيّة والإنسانيّة لن يتضمّن إحياء الطّقوس الدينيّة من قلب المكان الأثريّ، بل سيتعامل مع المكان من منطلقات تاريخيّة وتراثيّة توثّق سيرة المكان وتفاصيله عبر مركز لزوّار مسجد الخميس.

إذ من المخطّط تكوين مسار ثقافيّ تنمويّ وعمرانيّ، يتّصل فيه المسجد بمدرسة الخميس والمعروفة باسم مدرسة المباركة العلويّة ويشمل المسار في اتّصاله بالمكوّنات المكانيّة كلاً من عين بو زيدان والمزارع المحيطة بهذه المنطقة. كما نوقش في اللقّاء الذي جمع الوزيرة برئيس مجلس إدارة الأوقاف الجعفريّة الشّيخ محسن العصفور (يوم الثّلاثاء 27 أغسطس / آب 2013) فكرة استثمار الأرض الواقعة إلى شمال المسجد وتحويلها إلى مواقف سيّارات ملائمة لزوّار المركز الذي ستقوم وزارة الثقافة بتشييده خلال المراحل المقبلة.

وسيتضمّن مركز زوّار مسجد الخميس جميع المعلومات التاريخيّة المتعلقة بالمسجد، بالإضافة لتطوير الممرّات المحيطة بالموقع وإضافة عناصر تجميليّة ليصبح أحد أهم معالم التّراث البحريني الإسلاميّ. ويقوم المهندس المصمّم للمشروع الاستشاريّ كلاوس وهلرت بالتّنسيق مع الاستشاريّ المحليّ "شركة باد" بتصميم المركز، وقد اشتُهر هذا المهندس بتصميم المتاحف المحليّة للمواقع الأثريّة، حيث تعكس تصاميمه احترام الموقع وأهميّته وخصوصيّته وعدم طغيان المباني المضافة من متاحف أو مراكز زوّار على المبنى التاريخيّ الأصليّ.

كما أعدّ المهندس وهلرت مقترحًا لتطوير موقع مسجد الخميس يضمّ مركزًا للمعلومات يتيح للزائر التجوال في قاعة لعرض تاريخ المسجد وإبراز أهميته ومكانته على مرّ العصور الإسلاميّة كأحد أقدم المساجد في منطقة الخليج العربيّ.

وقامت وزارة الثقافة بالإجراءات اللّازمة للعمل التوثيقيّ، بالإضافة إلى أعمال التّنقيب الضروريّة، إذ تمّ اكتشاف ضريح أثريّ بشواهده. كما تهتمّ الدراسة بالمباني التراثيّة المحيطة بالمسجد كمدرسة الخميس وعين بو زيدان، بهدف تهيئة مشروع متكامل لترميم أقدم مسجد تاريخيّ في البحرين وإحياء محيطه العمراني بما يتلاءم وقيمته الدينيّة والتاريخية والأثريّة.