اندلعت أزمة بين وزارة الثقافة المصرية ومجمع البحوث الإسلامية بالأزهر، على خلفية تصريحات وزير الثقافة حلمي النمنم عن سبل معالجة العنف في المجتمع المصري، محملا التعليم الأزهري جزءا من مسئولية نشر ثقافة العنف الديني عبر المناهج الدينية التي تدرس في المعاهد الدينية. ووفقاً لما أفادته صحيفة "عكاظ" اليوم الثلثاء (30 أغسطس/ آب 2016)،  هاجم الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية بالأزهر محيي الدين عفيفي، تصريحات وزير الثقافة وما أبداه من انزعاج من مساحة التعليم الأزهري في مصر، وربطه بين ذلك وبين زيادة العنف الديني.

وقال عفيفي، في بيانٍ له (السبت)، إن كلام وزير الثقافة في غير محله؛ لأن الأزهر هو الذي حمى مصر من العنف وهو الذي يواجه تياراته، مبرهنا على ذلك بموقف الأزهريين الرافض للعنف والإرهاب على مر التاريخ.

وأكد الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية بالأزهر، أن التعليم الأزهري يقف في مواجهة الفكر الأحادي الذي لا يعترف بالتعددية وتجلياتها العقدية والمذهبية والفكرية؛ لأن الأزهر الشريف بتعليمه الوسطي يواجه الفكر المتشدد والمدعوم بالتدفقات المالية التي تحاول الهيمنة على وسطية الأزهر، فلولا التعليم الأزهري لتلاشت روح الوسطية والاعتدال والتعايش السلمي واحترام الآخر. وشدد عفيفي على أن ما يبذله الأزهر الشريف بتعليمه الوسطي في مواجهة الغلو والتطرف لا يدركه إلا كل منصف وموضوعي، ولكن يبدو أن الهجوم على الأزهر أصبح بمثابة شهادة براءة وإعلان بعدم تحمل المسؤولية في مواجهة الإرهاب والعنف الذي بات يهدد سلامة الوطن. وكان وزير الثقافة، قال إن «المجتمع المصري يجب أن يتحلى بالشجاعة ومواجهة ظاهرة العنف، إذ يعانى المجتمع المصري من قصور في النواحي الثقافية والتعليمية، وذلك يرجع إلى عدة أسباب منها توغل التعليم الأزهري في مصر، إذ يشكل التعليم الأزهري نسبة كبيرة في مصر، وهو أمر لابد من إعادة النظر فيه، وكذلك إعادة النظر في المناهج الدينية التي تدرس في المعاهد الأزهرية»، وذلك في الجلسة الختامية من مؤتمر السلام المجتمعي الذي نظمته الهيئة القبطية الإنجيلية بالإسكندرية الجمعة.