وافقت وزارة الداخلية على معظم تعديلات المواد التي أدخلها النواب على قانون «مؤسسات التأهيل والإصلاح»، في حين أبدت تحفظها على بعض المواد التي ارتأت الوزارة الإبقاء عليها كما وردت في المشروع، في الوقت الذي ارتأت فيه اللجنة المختصة وهي لجنة الخارجية والأمن الوطني إضافة بعض التعديلات عليها، وهي المادة (68) التي تختص بتنفيذ عقوبة الإعدام رميا بالرصاص، والمادة (71) المتعلقة بمراسم دفن جثة المحكوم عليه بالإعدام (ارتأت الوزارة إحلال كلمة «احتفال» محل كلمة «مراسم» مع بقاء بقية النص كما ورد في المشروع)، والمادة (79) حيث تحفظت الوزارة على حذف الفقرة (ب) من المادة، كما تحفظت الوزارة على المادة المضافة من قبل اللجنة بشأن السماح لجمعيات حقوق الإنسان بزيارة مراكز الإصلاح والتأهيل.

كما قدمت الوزارة صياغتها للمادة (33) فيما يتعلق بحكم المرأة التي وضعت قبل صدور الحكم عليها، ووضع الرضيع في مسألة بقائه معها أو بقائه خارج المركز، حيث صيغت المادة لتكون على النحو التالي: «يجب ألا يذكر في شهادة ميلاد الطفل الذي يولد بالمركز ما يشير على مولده، به. ويبقى الطفل مع أمه بالمركز سواء ولد به أو خارجه قبل إيداعها حتى يبلغ من العمر سنتين -وللمؤسسة السماح ببقائه ثلاث سنوات إذا ارتأت في ذلك مصلحة- فإذا بلغها أو لم ترغب أمه في بقائه معها خلال تلك المدة سلم لمن له حق حضانته شرعا، فإن لم يكن للطفل من يكلفه أودع بإحدى مؤسسات رعاية الأطفال وتخطر الأم بمكان إيداعه، وتحدد اللائحة التنفيذية إجراءات رؤيته».

وبحسب القانون المذكور فإن وزارة الداخلية تتكفل بإعادة تأهيل النزيل وإصلاحه لإمكانية دمجه في المجتمع بعد خروجه من الناحيتين النفسية والاجتماعية، وأن مهمتها الأساسية هي تنفيذ الأحكام الصادرة على السجناء، وأن عملية إيجاد فرصة عمل للنزيل بعد خروجه من شأن جهات أخرى معنية بهذا الشأن، ووزارة الداخلية تخطر وزارة العمل باسم كل نزيل يتم الإفراج عنه، كي تساهم الوزارة بدورها في إيجاد فرصة عمل لهذا الشخص.

وتطرقت المادة (17) من المشروع للفحص الطبي للنزيل، كما أن مكتبة السجن يجب أن تشمل جميع الكتب الدينية، بما فيها كتب المذاهب السنية والمذهب الجعفري، والديانات الأخرى مثل المسيحية بأنواعها من كاثوليك وآرثوذكس وبروتوستانت، حتى مذاهب البوذيين، ويمكن للنزيل طلب الكتب غير المتوافرة في المكتبة.

وفي المادة (30) من المشروع بيّن ممثلو وزارة ضرورة أن يكون قرار نقل النزيل للمستشفى لدى شخص آخر من ذوي الاختصاص غير آمر المؤسسة، وحاليا يوفر المركز طبيبا متواجدا بشكل دائم بالإضافة إلى وجود ممرض أول وسيارة إسعاف للنزلاء موجودة بشكل دائم لنقل النزلاء عند وجود أمر طارئ وبشكل فوري.