في البداية يجب ترتيب اللحوم بطريقة مناسبة في إناء، ثم إضافة السوائل إليها كلما دعت الحاجة، وتغطية الإناء بشكل غير محكم، وتهوية الغطاء البلاستيكي لترك مجال لإخراج البخار والتخلص من البكتيريا. يجب ألا تطبخ القطع الكبيرة من اللحم بالطاقة الكاملة (100 في المئة) وإنما بالطاقة المتوسطة (50 في المئة) ولمدة أطول حتى يمكن وصول درجة الحرارة إلى جميع أجزاء اللحم.

ويجب تحريك الطعام في الفرن أثناء الطبخ، إذا لم يتم ذلك آليا في الميكروويف لضمان عدم وجود بؤر باردة لنمو البكتيريا.

وعند الرغبة في طبخ الطعام جزئيا في الميكروويف، حتى يتم نقله إلى الشواية مثلا، فيجب فعل ذلك على الفور، فمن غير السليم تخزين أي طعام نصف مطبوخ لاستعماله فيما بعد. والحرص على استعمال مقياس للحرارة للتأكد من أن اللحم أو الدجاج وصل إلى درجة حرارة آمنة تتلاشى عندها الجراثيم الممرضة، ويفضل وضع المقياس في المناطق التي يصعب وصول الحرارة إليها من اللحوم، وترك الطعام داخل الفرن حتى ينضج قبل قياس درجة الحرارة. ولا ننصح بطبخ الدجاج المحشو داخل فرن المكيروويف لأنه قد لا يصل إلى درجة الحرارة اللازمة لقتل البكتيريا.

أما الأطعمة الجاهزة التي تسخن في الميكروويف فيجب تغطيتها بشكل محكم لضمان حفظ الرطوبة بداخلها وتوزيع الحرارة بالتساوي حتى نضمن التخلص من الجراثيم، وأن يتم طبخ الأطعمة الجاهزة مثل النقانق واللانشون، في درجة حرارة عالية، وعند إعادة تسخين الطعام، يترك بعض الوقت للتبريد واستعمال مقياس حرارة للتأكد من وصوله إلى درجة حرارة آمنة.