أصدر رئيس الوزراء صاحب السمو الشيخ خليفة بن سلمان آل خليفة، قرارا بالهيكل التنظيمي لجهاز الأمن الوطني، ليتألف الجهاز من 16 إدارة، من بينها إدارة الأمن السياسي وإدارة مكافحة الإرهاب وإدارة العمليات التابعة للوكيل المساعد للأمن الداخلي، إضافة إلى العمليات الخاصة وإدارة الشئون الدولية التابعتين إلى الوكيل المساعد للشئون الخارجية. وكان جلالة الملك أمر بإنشاء الجهاز في 9 مايو/ أيار من العام 2002