ولد السيدعلي السيدمحمدباقر السيدعلي السيستاني في الرابع من شهر أبريل/ نيسان من العام 1930 في منطقة مشهد بإيران. نشأ السيستاني في أسرة علمية دينية ملتزمة، وقد درس العلوم الابتدائية والمقدمات والسطوح، وأعقبها بدراسة العلوم العقلية والمعارف الإلهية لدى جملة من أعلامها ومدرسيها. بدأ وهو في الخامسة من عمره بتعلم القرآن الكريم ثم دخل مدرسة دار التعليم الديني لتعلم القراءة والكتابة ونحوها، فتخرج من هذه المدرسة وقد تعلم أثناء ذلك فن الخط أيضاً.

في العام 1941 بدأ بتوجيه من والده بقراءة مقدمات العلوم الحوزوية، فأتم قراءة جملة من الكتب الأدبية كشرح الألفية للسيوطي، كما قرأ جملة من كتب السطوح العالية كالمكاسب. ودرس مجموعة من الكتب الفلسفية بالإضافة إلى حضوره دروس المعارف الإلهية وبحوث الخارج.

في العام 1949 هاجر إلى قم المقدسة لإكمال دراسته فحضر عند السيدحسين البروجردي والسيد محمد الحجة الكوهكمري، وكان حضوره عند الأول في الفقه والأصول وعند الثاني في الفقه فقط.

في العام 1952 هاجر من مدينة قم إلى النجف الأشرف فسكن مدرسة البخارائي العلمية وحضر بحوث السيدأبوالقاسم الخوئي والشيخ حسين الحلي في الفقه والأصول ولازمهما مدة طويلة، وحضر خلال ذلك أيضاً بحوث بعض العلماء الآخرين منهم السيدمحسن الحكيم والسيدالشاهرودي.

وفي العام 1961 عزم على السفر إلى موطنه منطقة مشهد بإيران وكان يحتمل استقراره فيها فكتب له أستاذه السيدالخوئي وأستاذه الشيخ الحلي شهادتين ببلوغه درجة الاجتهاد، كما كتب الشيخ أغا بزرك الطهراني صاحب كتاب الذريعة شهادة أخرى يطري فيها على مهارته في علمي الحديث والرجال.

عندما رجع إلى النجف الأشرف في العام 1962 بدأ بإلقاء محاضرات البحث الخارج في الفقه، بالإضافة إلى محاضراته في القواعد الفقهية وفي علم الرجال. وفي 1965 بدأ بإلقاء محاضراته في علم الأصول.

نقل بعض أساتذة النجف الأشرف أن مجموعة من الفضلاء اقترحوا على السيدالخوئي أيام حياته إعداد الأرضية لشخص مؤهل لتولي مهمات المرجعية والحوزة العلمية في النجف الأشرف والمحافظة عليها فاختار السيدعلي السيستاني.

وبعد وفاة السيدالخوئي كان السيستاني من الستة المشيعين لجنازته ليلاً، وهو الذي صلّى على جثمانه الطاهر، وقد تصدى بعدها للتقليد وشئون المرجعية وزعامة الحوزة العلمية، بإرسال الإجازات، وتوزيع الحقوق، والتدريس على منبر الخوئي في مسجد الخضراء .

انتشر تقليده وبشكل سريع في العراق والخليج ومناطق أُخرى كالهند وإفريقيا وغيرها، وخصوصاً بين الأفاضل في الحوزات العلمية، وبين الطبقات المثقفة والشابة. ويعد من القلة المعدودين من أعاظم الفقهاء الذين تدور حولهم ميزة الأعلمية بشهادة غير واحد من أهل الخبرة وأساتذة الحوزات العلمية في النجف الأشرف وقم المقدسة