بدأت نيابة أمن الدولة العليا المصرية تحقيقاتها مع القيادي الإخواني البارز محمد علي بشر، وزير التنمية المحلية في عهد الرئيس الاسبق محمد مرسي، بعد إلقاء القبض عليه فجر اليوم الخميس (20 نوفمبر/ تشرين الثاني 2014) بمنزله في مدينة شبين الكوم محافظة المنوفية/ شمال العاصمة القاهرة/.
كان المستشار تامر فرجاني، المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا المصرية ، قد أصدر أمرا بضبط وإحضار محمد علي بشر، في ضوء ما كشفت عنه التحقيقات التي تباشرها النيابة من اشتراكه في ارتكاب جرائم التحريض على العنف والإرهاب ومناهضة الدولة باستخدام العنف المسلح.
وأسندت نيابة أمن الدولة العليا إلى محمد علي بشر عددا من الاتهامات في مقدمتها الانضمام إلى جماعة إرهابية مؤسسة على خلاف أحكام الدستور والقانون، الغرض منها الدعوة إلى تعطيل القوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين، والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، وتتخذ من الإرهاب وسيلة لتنفيذ أغراضها.
وكانت الحكومة المصرية قد اعلنت في 25 كانون أول/ ديسمبر الماضي جماعة الإخوان المسلمين منظمة إرهابية.
وتشهد مصر حملة عنف تستهدف الجيش والشرطة وامتدت لتشمل اهدافا ومنشات مدنية مثل عربات القطارات ومترو الانفاق منذ عزل مرسي في شهر تموز/يوليو عام 2013.