اعتمدت لجنة المسابقات في الاتحاد البحريني لكرة القدم نظام مسابقتي كأس الملك المفدى وكأس سمو ولي العهد ما بين الدور التمهيدي ودور نصف النهائي، وذلك على النحو الآتي: الدور التمهيدي لأندية الدرجة الأولى المكملة لعدد الـ 16 ناديا مشاركا في مسابقة كأس الملك المفدى وفق ما ستسفر عنه نتيجة القسم الأول لهذه المسابقة وحدد له تاريخ 17 ديسمبر/ كانون الأول المقبل. تقام مباريات الدور الـ 16 بتواريخ ،21 ،22 23 و24 ديسمبر المقبل، وتقام مباريات دور الـ 8 بتاريخي 28 و29 من الشهر نفسه. وبعد نهاية الدوري العام لأندية الدرجتين "الممتازة والأولى" تنظيم مسابقة كأس سمو ولي العهد ودور الأربعة والمباراة النهائية لكأس الملك المفدى خلال شهر أبريل/ نيسان .2006 وأشار إلى أن جميع المسابقات الخاصة بالموسم الرياضي الجاري ستقام بالنظام المتبع في الموسم الماضي. من جهة أخرى تدارست لجنة المسابقات في الاتحاد البحريني لكرة القدم الأيام المحددة للمسابقات المختلفة خلال شهر رمضان ورأت أن تقام مباريات فئة الأشبال يوم الأربعاء أسبوعيا بدلا من الجمعة، وذلك تقديرا لظروف اللاعبين الطلبة وحتى يكون اليوم التالي عطلة أسبوعية، وذلك اعتبارا من الأسبوع السادس والمقرر فيه إقامة المباريات بتاريخ 7 أكتوبر/ تشرين الأول المقبل لتلعب بتاريخ 5 أكتوبر حتى نهاية القسم الأول، ما عدا مباراتين من الأسبوع الثامن وهما "المجموعة الأولى: النجمة والأهلي، المجموعة الثانية: الاتفاق والحالة"، إذ ستجريان يوم الثلثاء 18 أكتوبر المقبل.