تطرق تقرير ديوان الرقابة المالية إلى مشروع إنتاج الديزل منخفض الكبريت بشركة بابكو، إذ كشف عن عدم قيام الشركة بأخذ موافقة مجلس المناقصات على ترسية بعض الصفقات التي تزيد قيمتها على مليون دينار وبعض إضافات العقود التي تزيد نسبتها على 15 في المئة من قيمة العقد الأصلية، بما يخالف قرارات مجلس المناقصات الصادرة في هذا الشأن، فضلا عن عدم قيام الشركة بالحصول على ضمانات تنفيذ لبعض العقود المبرمة بما يتعارض مع قرار مجلس المناقصات رقم (3) لسنة 2004 الصادر في هذا الشأن.

وأشار التقرير إلى قيام الشركة بترسية عقد نظام التحكم الإلكتروني على شركة يوكوجاوا بطريقة الإسناد المباشر من دون أن تقوم الشركة بدعوة عدة شركات بما يسمح بالحصول على أفضل الأسعار الممكنة من خلال خلق مناخ تنافسي عادل.

وتطرق التقرير إلى نقاط أخرى داخل الشركة تمثلت في وجود بعض نواحي القصور في أنظمة الرقابة الداخلية المطبقة على طريقة احتساب وتسجيل كلفة فريق المشروع، وعدم الالتزام بجدول الصلاحيات المعتمد بالشركة فيما يتعلق باعتماد التعديلات على العقود، فضلا عن قيام الشركة بتوقيع عقد الاستشاري باثفيندر (Pathfinder) قبل صدور قرار الترسية بما يتعارض مع إجراءات ولوائح الشركة المعتمدة التي تلزم بضرورة عدم الدخول في أية تعاقدات إلا بعد صدور قرار الترسية من مستوى الصلاحية المناسب.

وذكر التقرير أن كلفة شراء إنتاج حقل البحرين للنفط يسجل بواقع دولار واحد فقط للبرميل، بينما يتم تسجيل كلفة شراء الشركة للنفط السعودي بسعر الكلفة (سعر السوق)، ما يؤدي إلى تضخم أرباح الشركة بالفرق بين سعر البرميل في الأسواق العالمية وكلفة الشراء الخاصة بإنتاج حقل البحرين، وعليه فإن حسابات الشركة لا تظهر الصورة الحقيقية لنتائج أعمال المصفاة.

وأشار التقرير إلى قيام الدولة بدعم أسعار المنتجات النفطية في السوق المحلية، ولا يتم عكس ذلك في حسابات الشركة، وبالتالي فإن إيرادات الشركة لا تعكس واقع الدعم المقدم.

وكرر الديوان توصيته بإعطاء الشركة استقلالا إداريا وماليا، وفصل حسابات الشركة عن حسابات الدولة، بحيث يباع إنتاج حقل البحرين على الشركة بسعر السوق، ويقدم الدعم للشركة نتيجة دعم الدولة لأسعار المنتجات النفطية، على أن يتم تحويل أرباح الشركة سنويا إلى الشركة التابعة للنفط والغاز باعتبارها أرباح استثمارات بقرار من مجلس إدارة الشركة.